LinuxでPDFを見るには、Adobe ReaderのLinux版を利用すれば一番確実です。が、Windowsでも重いくらいですからLinuxでもやっぱり重いです＾＾；

比較的軽量なPDFビューアとして、evinceが挙げられます。しかし、こいつで日本語の含まれるPDFを閲覧すると、意図した表示をしてくれないことが多々あります。
というのも、PDFを作成する際、ライセンスの問題などからフォントは埋め込まないことが多いからです（フォントを埋め込むとサイズも大きくなる）。一般に日本語フォントファミリとして指定されるのはRyuminとGothic-BBBです。窓ではMSフォントがあてがわれます。また、作成側もMSフォントで見ることを前提に作成しているのが普通でしょう。

ですが、MSフォントはノンフリーです。当然Linuxには搭載されてません。そのため、RyuminとGothic-BBBにあてがわれたフォントはMSフォントではなく、見た目も異なってきます。Fedoraではデフォルトでさざなみゴシックがあてがわれています。ぶっちゃけて言って、汚いです。

そこで、これらのフォントファミリにIPAフォントなどを割り当ててやります。evinceは~/.font.confを見ているようなので、そのファイルの</fontconfig>のすぐ上に

  <match target="pattern">
    <test qual="any" name="family">
      <string>Ryumin</string>
    </test>

    <edit name="family" mode="prepend" binding="strong">
      <string>IPA Mincho</string>
    </edit>
  </match>
  <match target="pattern">
    <test qual="any" name="family">
      <string>Gothic-BBB</string>
    </test>
    <edit name="family" mode="prepend" binding="strong">
      <string>IPA P Gothic</string>
    </edit>
  </match>

と追記します。IPAモナーフォントを持っているのなら、"IPA"の部分を"IPA Mona"に置き換えると良いでしょう。IPAモナーフォントは横幅がMSフォントと同じになるように調整されていますから、PDFの見た目も製作者の意図したものに近いものになるでしょう。

ただ、場合によってはMSフォントを直接指定している場合があります（埋め込んでは居ない）。この場合、さざなみフォントで表示されるため見る分には困りませんが、見た目汚いだけでなく、場合によっては文字が重なる部分が出てきます。これも~/.font.confを弄ることで回避できるかと思ったんですが、書式が分からなかったため断念。

というか、頼むからMSフォントを直接指定とか止めてくれ・・・Orz

Macも含め、パブリックorオープンソースソフトウェアとして、日本語OSに標準搭載可能なフォントってのを誰か公開してくれないかねぇ。東大の先生がフォントを作成して公開する予定だってのがあったと思うんだけど、あれもう公開してたっけ・・・？ さざなみはちょっと品質ががっかりだし、せめてVLフォントくらいを標準搭載してくれないかなぁ。そうしてくれたらPDFのフォント問題とかがかなり解決されると思うんだよなぁ。デスクトップとかブラウザのフォントはMSやらメイリオやらヒラギノで構わんので、PDFとかWordとかの公開するような文書にはそういった標準フォントを採用とかしてほしい。

そういう話って出てこないのかねぇ・・・？